على الرغم من الفوائد العلاجية الواعدة التي يقدمها العلاج بسم النحل، إلا أنه قد يسببب بعض الآثار الجانبية كمان أنه يتفاعل مع بعض الأدوية.
تُستخدم مثبطات المناعة في علاج أمراض المناعة الذاتية وزراعة الأعضاء، ولكنها قد تسبب آثارًا جانبية كالإصابة بالأنفلونزا وكثرة التبول والحمى.
بعض الأدوية لها آثار جانبية تؤثر في صحة الفم، مما يسبب جفاف الفم، وتضخم اللثة، والإصابة بعدوى الخميرة الفموية.
